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PE 포맷(Portable Excutable)은 32비트나 64비트 버전 마이크로소프트 윈도에서 사용되는 실행 파일의 파일 포맷을 말한다. 이를 지원하는 확장자로는 .exe, .obj, .dll, .sys가 있다.
완전한 도스에서 PE 포맷을 가진 파일을 실행하면 EXE 포맷과의 호환성을 위해 다음의 메시지들 가운데 하나를 띄워 도스에서 실행되지 않는다고 사용자에게 먼저 알린다.
- This program requires Microsoft Windows.
- This program cannot be run in DOS mode.
프로그램을 종료하는 마이크로소프트 도스 프로그램이 첫머리에 붙는다. (완전한 도스에서는 이 메시지를 띄운 뒤 바로 도스 프롬프트로 빠져 나오게 된다.) 그 뒤로 PE 고유의 식별자, COFF와 비슷한 데이터 구조가 있어서, MS-DOS 헤더에는 그 오프셋이 기록되어 있다. 또 다양한 CPU 아키텍처에 대응하기 위해서 내부에 판별을 위한 플래그를 갖는다. 실행할 때 DLL을 이용하여 함수들을 동적으로 링크하기 때문에 구성요소 수준의 버그 수정, 호환성 유지가 이루어질 수 있도록 되어 있다. 또, 리소스 영역에 아이콘 등을 보관할 수 있기 때문에, 그래픽 사용자 인터페이스 환경에서 아이콘이 표시되어 소프트웨어가 무엇인지 판별하기 쉽다.